Synthetisch und schnell
Forschende entwickeln eine neue Variante des besonders schnell wachsenden
Bakteriums Vibrio natriegens
Vibrio natriegens, das Bakterium mit der höchsten bisher bekannten
Teilungsrate, verteilt sein Erbgut auf zwei Chromosomen. Ist das der Grund
für sein schnelles Wachstum? Nein, sagen Forscherinnen und Forscher des
Max-Planck-Instituts für terrestrische Mikrobiologie und des Zentrums für
Synthetische Mikrobiologie der Philipps-Universität Marburg. Sie haben mit
Hilfe der Synthetischen Biologie einen neuen Stamm mit nur einem Chromosom
entwickelt. Er könnte in Zukunft Forschung und Anwendung vereinfachen und
ist dabei genauso schnell.
Wer schnell ist, ist im Vorteil - das gilt auch für die Vermehrung von
Zellen. Hier ist die Vervielfältigung der DNA ein
geschwindigkeitsbestimmender Schritt. Deshalb haben manche Bakterien
Tricks entwickelt, um diesen Prozess zu beschleunigen. In der Regel
kopieren Bakterien ihre Chromosomen von einem einzigen Startpunkt aus (dem
sogenannten Replikationsursprung) in zwei Richtungen, mit einer
Kopiergeschwindigkeit von etwa 1000 DNA-Bausteinen pro Sekunde. E. coli,
das bekannte Arbeitstier der Mikrobiologie, lässt seine Replikationszyklen
außerdem noch überlappen. Das spart mehr als die Hälfte der Zeit, weil
Tochterzellen mit bereits kopierten Chromosomen entstehen. So kommt das
Bakterium auf eine Verdopplungszeit von 20 Minuten.
Doch einer ist noch viel schneller: Vibrio natriegens heißt das Bakterium
mit der bisher schnellsten bekannten Wachstumsrate. Es kann sich in
weniger als 10 Minuten verdoppeln. Die kurze Verdopplungszeit macht Vibrio
natriegens nicht nur zu einem Kandidaten für biotechnologische
Anwendungen, sondern auch als Modell für die Grundlagenforschung
interessant.
Das Bakterium hat einige besondere Eigenschaften. Es liebt hohe
Salzkonzentrationen und lebt unter anderem in Küstengebieten. Im Gegensatz
zu E. coli hat Vibrio natriegens sein Genom auf zwei Chromosomen
aufgeteilt. Diese Eigenschaft teilt es mit seinem Verwandten Vibrio
cholerae, der als Erreger der Cholera bekannt ist und sich ebenfalls sehr
schnell vermehren kann - Vibrio natriegens aber ist fast doppelt so
schnell.
Ist nun die Zweiteilung des Chromosoms der Trick, mit dem Vibrio seine
Verdoppelung beschleunigt? Diese Frage hatten Forscherinnen und Forscher
bereits bei Vibrio cholerae untersucht. Dort hatte die künstliche
Verschmelzung der beiden Chromosomen tatsächlich zu einer Verlängerung der
Verdopplungszeit geführt.
Die Gruppen von Daniel Schindler und Anke Becker nutzen Methoden der
Synthetischen Biologie, um Prozesse in Mikroorganismen zu untersuchen.
Indem sie vorhandene Gene neu anordnen, können sie Funktionen und Prozesse
gezielt und kontrolliert untersuchen. „Wir wollten wissen: Ist die
gleichzeitige Replikation von zwei Chromosomen bei Vibrio natriegens die
Voraussetzung für seine Schnelligkeit?“ sagt Lea Ramming, die diese
Fragestellung in ihrer Masterarbeit untersuchte. Mithilfe
molekularbiologischer Techniken, Mikroskopie und umfangreicher Analytik
entwickelten und charakterisierten die Forschenden einen neuen Stamm mit
nur einem Chromosom. „Wir haben die Chromosomenarchitektur des Bakteriums
so umgestaltet, dass die gesamte Replikation von einem einzigen Ursprung
ausgeht“, sagt Daniel Stukenberg, Erstautor mit Lea Ramming, der das
Projekt im Rahmen seiner Doktorarbeit bearbeitet hat.
Aufgrund früherer Arbeiten erwarteten die Forschenden eine längere
Verdopplungszeit. Das überraschende Ergebnis: Trotz der Fusion war der
Stamm genauso schnell wie der natürliche V. natriegens-Stamm. Dies deutet
darauf hin, dass das geteilte Genom keine Voraussetzung für schnelles
Wachstum ist.
Der neue Stamm kann nun als Ausgangspunkt für biotechnologische
Anwendungen dienen, aber auch als Modell für die Grundlagenforschung zur
Chromosomenbiologie schnell wachsender Bakterien. Darüber hinaus könnte V.
natriegens ein alternatives Modellsystem zu Vibrio cholerae sein, dem
derzeit am besten untersuchten Modellorganismus für zweiteilige
mikrobielle Genome. Denn hier könnte die Chromosomenbiologie ohne
Infektionsrisiko untersucht werden.
Mit den Methoden der synthetischen Biologie und der angewandten Forschung
könnten die Forschenden nun ein zusätzliches synthetisches Chromosom in
den Stamm einbauen. „Und schließlich könnte ein weiterer Vorteil darin
bestehen, dass der Organismus in Salzwasser kultiviert werden muss.
Dadurch kann Meerwasser als Medium verwendet werden, was die begrenzten
Süßwasserressourcen entlasten würde, insbesondere im Hinblick auf den
Klimawandel. Der Einsatz von V. natriegens in der biotechnologischen
Produktion kann diese somit potenziell nachhaltiger gestalten.
Insbesondere der Stamm mit den fusionierten Chromosomen könnte in Zukunft
eine hervorragende Expressionsplattform werden“, sagt Daniel Schindler.
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